Знаменский собор
Знаменский собор - самая древняя постройка ансамбля монастыря, заложен одновременно с тобольским Софийским собором в 1683 году по прошению митрополита Павла I и по грамоте царя Фёдора Алексеевича на государственные средства, окончен в 1691 году. Очевидно, строили его те же московские и устюжские мастера, которые работали тогда в Тобольске на Архиерейском дворе.
Созданный по "образцу", взятому у Павла, и воздвигнутый за восемь лет Знаменский собор первоначально представлял собой традиционный тип четырехстолпного кубического храма, аналогично, по всей вероятности, Софийскому кафедральному собору и Преображенскому храму Знаменского монастыря в Тобольске, с трехчастным алтарем и пятиглавием. Фасады двусветного четверика имели декор допетровского типа с наличниками из приоконных колонок, кокошниками и угловыми лопатками.
Свой существующий ныне облик церковь приобрела после реконструкции 1751-1754 гг., когда было изменено завершение храма и вместо пятиглавия устроен один громадный купол. Хотя стены Знаменского храма не были переложены, характер завершающих их архитектурных элементов, как и изменение венчания храма в целом, создали новое оригинальное качество традиционных форм. Над двусветным четвериком и широким поясом карниза был возведен ярус стен, закрывших сооруженный после перестройки храма восьмерик и почти на треть увеличивший вертикальную плоскость фасадов по высоте. Полукружия декоративных закомар с центральными лепестковыми окнами-люнетами внесли новый мотив в декоративное решение здания. Покрытие храма получило своеобразную форму широкого восьмигранного купола, повторенную в ярусах уменьшающихся светового и глухого восьмериков. Созданное в результате многоярусное купольное венчание, типичное для "тобольского барокко", заставило по-иному звучать мощный каменный массив храма. Кроме этого в композиции здания появились ещё два необычных элемента: ступенчатая надстройка алтарной части, обеспечивающая второй свет, и крытая пятигранная паперть, по форме, скорее, похожая на апсиду.
Несомненно, что общее архитектурное решение Знаменского храма обусловлено творческим поиском незаурядных мастеров. Возможно, к его реконструкции был причастен украинский зодчий Корнилий Переволочка, работавший в те годы в Тобольске. Есть определенная параллель очертаний глав собора с формами глав тобольской Богоявленской (Богородицкой) церкви, перестроенной Переволокой в 1744 году (не сохранилась). Не исключено также и участие мастеров из Далматова монастыря. Они активно привлекались митрополитом Сильвестором для строительных работ на Софийском дворе в середине XVIII века. Декор "завитковых" наличников и узорчатого карниза напоминает убранство далматовской Успенской церкви.
В 1819 году Знаменский собор был декорирован внутри лепниной из алебастра в виде раковин и украшен росписью. Убранство не сохранилось.